Bactéries résistantes : un nouvel antibio découvert par l'intelligence artificielle

"Nous voulions développer une plateforme permettant d'exploiter la puissance de l'intelligence artificielle pour ouvrir une nouvelle ère de découverte de médicaments antibiotiques", explique James Collins, professeur d'ingénierie médicale au MIT, coauteur de cette découverte publiée jeudi dans la revue Cell. "Notre approche a révélé cette molécule incroyable qui est sans doute l'antibiotique le plus puissant jamais découvert." L'intelligence artificielle (IA) permet de rechercher, "in silico" c'est-à-dire par modélisation informatique, quelles molécules chimiques seraient à même de s'attaquer à certaines bactéries, en faisant examiner des bibliothèques de composés chimiques par l'IA.

Les chercheurs ont entraîné leur modèle à partir de la bactérie Escherichia coli, puis ont recherché parmi une bibliothèque de 6.000 composés chimiques lesquels avaient les caractéristiques recherchées. L'algorithme a trouvé un composé à la structure différente des antibiotiques existants, et prédit qu'il serait efficace contre de nombreuses bactéries. Ils ont baptisé la molécule "halicin", en hommage à l'ordinateur HAL du film "2001, l'Odyssée de l'espace", puis l'ont testée en laboratoire contre des dizaines de souches bactériennes prélevées sur des patients et cultivées in vitro. L'halicine a réussi à tuer de nombreuses bactéries résistantes aux antibiotiques existants, notamment Clostridium difficile, Acinetobacter baumannii, et Mycobacterium tuberculosis. Seule la bactérie Pseudomonas aeruginosa lui a résisté. Enfin, la nouvelle molécule a été testée sur des souris infectées par A. baumannii, une bactérie qui a infecté de nombreux soldats américains en Irak et en Afghanistan, et qui résiste à tous les antibiotiques existants. Les souris ont été guéries en 24 heures. L'Organisation de Coopération et de Développement Économiques (OCDE) a estimé récemment que les bactéries résistantes pourraient tuer 2,4 millions de personnes en Europe, en Amérique du Nord et en Australie d'ici 2050.